La Cuenca Hidrográfica del Canal está compuesta por tres lagos (Gatún, Miraflores y Alajuela) y seis subcuencas, de las cuales cuatro se ubican al Este de la cuenca (río Chagres, río Gatún, río Boquerón y río Pequení), las otras dos se localizan al Oeste (río Trinidad y río Cirí).
