Respuesta:
Porque, con independencia de su significado, «separado» es una palabra y «todo junto» son dos.
Explicación:
El criterio de separación más intuitivo quizá fue por categorías gramaticales. Entonces «separado» como adjetivo se escribe todo junto, y «todo junto», frase compuesta con un pronombre y con un adjetivo, se escribe separado.
